早稲田大学イスラーム地域研究機構では、2009年度より月1回（原則第4水曜・夕方）、定例研究会を開催しています。この定例研究会では、機構所属の専任研究員の研究成果を知ってもらうとともに、学内・学外の関連研究者の方からも報告をお願いして、広くイスラーム地域研究にかかわる研究交流の場としたいと考えています。
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早稲田大学拠点では、人間文化研究機構（NIHU）プログラム・イスラーム地域研究における中心拠点としての役割を果たします。また研究面ではスタッフを中心に「イスラームの知と文明」に関わる2つの研究グループを編成します。
早稲田大学拠点では、文部科学省「特色ある共同研究拠点の整備の推進事業」イスラーム地域研究拠点における中心拠点としての役割を果たします。また共同研究課題の公募による公募研究と拠点強化事業を推進します。
イスラーム地域研究機構が中心拠点となる二つの共同研究に加え、イスラーム地域研究機構では機構構成員が多く参加する以下の研究活動を支援しています。
「アジアにおけるムスリム・マイノリティと非ムスリム・マジョリティの共生に関する国際比較研究」（研究代表：小島宏・社会科学総合学術院教授）
早稲田大学イスラーム地域研究機構を拠点とする研究交流課題「イスラームと多元文化主義―イスラームとの共生に向けた基礎的研究」が、平成２３年度より日本学術振興会アジア・アフリカ学術基盤形成事業に採択されました。